Programy transnarodowe stanowią ważny komponent europejskiej współpracy terytorialnej. Umożliwiają one współpracę w ramach ściśle określonych obszarów geograficznych. Programy te pozwalają przezwyciężać wyzwania o znaczeniu ponadregionalnym i lepiej wykorzystywać potencjały współpracujących regionów.
W ramach komponentu transnarodowego Polska uczestniczy w następujących programach operacyjnych:
Europa Środkowa (Interreg Central Europe), oprócz Polski w programie tym uczestniczą: Austria, Chorwacja, Czechy, Niemcy (wybrane regiony), Słowacja, Słowenia, Węgry, Włochy (wybrane regiony)
Region Morza Bałtyckiego (Interreg Baltic Sea Region), oprócz Polski w tym programie uczestniczą: Dania, Estonia, Finlandia, Litwa, Łotwa, Niemcy (wybrane regiony), Szwecja oraz trzy państwa spoza Unii Europejskiej: Białoruś (wybrane regiony), Norwegia i Rosja (wybrane regiony).